牡丹的耐寒性一般来说也是比较强的，牡丹冬季处于休眠状态，可以在地里越冬。所以冬季牡丹可以开沟施有机肥，施足底肥可安全越冬，翌年植株叶大、花肥、籽饱满。冬季把多余的枝条和萌芽修剪一下，保留开花的壮枝就可以了，把枯枝、病枝剪掉。如果天气达到0度时，可以培土根部，保护根源。
冬季牡丹病虫害的防治：冬季可使用辛硫磷20%或托布津800倍药液喷洒全株进行防治。危害牡丹较为严重的是吹锦蚧和蛴螬。防止方法可用竹刀将枝干的虫体刮去并烧掉，然后用辛硫磷喷洒或涂抹枝干即可冻死越冬的雌虫和虫卵。也可用氧化乐果或敌敌畏乳油500-800浇灌牡丹根部。清除越冬的杂草，以免与牡丹争夺养分。较好对牡丹进行全面深锄，这样不仅清除杂草也可以起到松土保墒的作用，有利于牡丹安全越冬。